A investigação científica produzida em Portugal tem conhecido um importante crescimento nos últimos anos, em termos de investimentos e resultados, por acção da Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT), organismo tutelado pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior (MCTES), que gere o maior fundo de apoio à investigação em Portugal.

Com o objectivo da comunidade científica aumentar a sua presença no tecido empresarial português e reduzir o distanciamento entre instituições universitárias e empresas, a Universidade Lusíada concorre para esta política estratégica de inclusão do ensino e da investigação através dos seguintes centros de investigação:

• Centro de Estudos Jurídicos, Económicos e Ambientais 
  O Centro de Estudos Jurídicos, Económicos e Ambientais (CEJEA), com os seus cinco grupos, visa promover e divulgar a investigação nas áreas do direito, da economia e do ambiente, dando sempre uma atenção especial às implicações legais destas duas últimas áreas. Além dos seus projectos próprios, o CEJEA tem projectos em colaboração com investigadores de outras instituições nacionais e estrangeiras. 
  Coordenador: Prof. Doutor Manuel Carlos Lopes Porto
  
  
• Centro de Investigação em Organizações, Mercados e Gestão Industrial 
  O Centro de Investigação em Organizações, Mercados e Gestão Industrial (COMEGI) é uma unidade de investigação que se dedica a desenvolver investigação avançada e inovadora nas áreas da gestão, de acordo com a estratégia definida para a própria Universidade Lusíada, cujo objectivo é promover a investigação a um nível superior através de uma sólida base científica.
  Coordenador: Prof. Doutor Eng. Luís Valadares Tavares
  
  
  
• Centro de Investigação em Psicologia para o Desenvolvimento 
  O Centro de Investigação em Psicologia para o Desenvolvimento (CIPD) é a unidade de investigação das Universidades Lusíada no domínio da Psicologia. Tem como principais objectivos a angariação e a disponibilização dos recursos necessários ao desenvolvimento dos estudos científicos, a valorização científica dos seus membros e a formação de novos investigadores.
  Coordenador: Prof. Doutor Paulo A.S. Moreira
  
  
  
• Centro de Investigação em Território, Arquitectura e Design 
  O Centro de Investigação em Território, Arquitectura e Design (CITAD), é composto por 4 Grupos de Investigação (GI): GI1: Arquitectura e Urbanismo; GI2: Tecnologias da Arquitectura; GI3: Teoria, História e Pensamento Interdisciplinar Contemporâneo; GI4: Inovação, Design e Cultura (I) Material. Os objectivos deste Centro de Investigação são: desenvolver áreas de investigação que se integrem nas áreas científicas fundamentais do Território, Arquitectura e Design, trabalhando com diversos investigadores de várias origens e com vária entidades, universidades, autarquias, industrias e empresas, pretendendo que os resultados alcançados sejam disseminados pela comunidade científica e em benefício da sociedade.
  Coordenador: Prof. Doutor Arqt. Alberto Cruz Reaes Pinto
  
  
  
• Centro Lusíada de Investigação em Política Internacional e Segurança 
  O Centro Lusíada de Investigação em Política Internacional e Segurança (CLIPIS) é uma unidade orgânica de investigação da Universidade Lusíada que visa a investigação científica e a divulgação nas áreas de Relações Internacionais e de Estudos de Segurança.
  Coordenador: Prof. Doutor José Francisco Lynce Zagallo Pavia
  
  
  
• Centro Lusíada de Investigação em Serviço Social e Intervenção Social 
  O Centro Lusíada de Investigação em Serviço Social e Intervenção Social (CLISSIS) nasceu em 2007, no contexto da integração do Instituto Superior de Serviço Social de Lisboa na Universidade Lusíada (ISSSL-UL). Desde o início, o CLISSIS definiu-se num âmbito de acção mais vasto do que o Serviço Social, e que designou de "intervenção social", promovendo a investigação sobre problemas sociais, políticas sociais e actores sociais. 
  Coordenador: Prof. Doutor Duarte Gonçalo Rei Vilar.